Am Donnerstag, dem 2. November 2006, entgleisten innerhalb kurzer Zeit gleich zwei Züge. Die erste Entgleisung fand um 18.00 Uhr beim Westbahnhof statt. Der Beiwagen der einziehenden 49er-Garnitur 4535+1115 sprang auf der nach der Haltestelle der Linien 6 und 18 angeordneten Verzweigungsweiche Richtung äußere Mariahilfer Straße aus den Schienen. Der Fahrer bemerkte dies erst, als der Zug bereits die Gürtelkreuzung passiert hatte.
Der Beiwagen wurde von der Rüstwagenmannschaft zwecks einfacheren Abtransports - die Kupplung war beschädigt worden - verkehrt, d. h. am falschen Gleis, aufgestellt und mit dem Heck voran abtransportiert. Bis 19.30 war der Betrieb der Linien 52 und 58 nur zwischen den stadtauswärtigen Endstationen und dem Bahnhof Rudolfsheim möglich. Zwischen Rudolfsheim und Westbahnhof wurde ein Schienenersatzverkehr mit Autobussen eingerichtet.
Die zweite Entgleisung betraf einen Zug der Linie 52 in Baumgarten (4677+1148). Der Triebwagen entgleiste auf der Vereinigungsweiche Hütteldorfer Straße/Linzer Straße und prallte gegen einen Oberleitungsmast, der dabei beschädigt wurde. Der Betrieb der Linien 49 und 52 war ab 22.40 Uhr bis Betriebsschluss unterbrochen, die Arbeiten konnten erst kurz nach 1 Uhr nachts beendet werden.
Die Linie 49 konnte nur zwischen Dr.-Karl-Renner-Ring und Breitensee S verkehren, die Linie 52 nur zwischen Westbahnhof und Rudolfsheim. Auch hier war ein Schienenersatzverkehr eingerichtet (drei Busse für die Linie 49, einer für die Linie 52). Die für den N49 vorgesehenen Busse rückten bereits früher aus. Die an der Unfallstelle eingeschlossenen Züge zogen als Sonderzug in ihre Heimatbahnhöfe ein.