Am 30. 5. 1999 fand der mittlerweile 16. Vienna City Marathon statt. Auch heuer waren zahlreiche Verkehrsmaßnahmen notwendig, die sich wegen der selben Streckenführung weitgehend mit denen des Vorjahres deckten.
Im Unterschied zum Vorjahr waren die Aushänge an den Haltestellen sehr detailliert - mit Uhrzeiten von Linieneinstellungen, Kurzführungen und Ablenkungen, dafür beschränkte sich die Durchsage auf den Hinweis, man möge eben diese Aushänge beachten und im Übrigen auf U- und Schnellbahn ausweichen. Dafür waren diese aber wieder zu ungenau.
Die Maßnahmen bei den Straßenbahnlinien im Einzelnen:
| Linie | Kurzführung bzw. Umleitung |
| D |
Teilung Südbahnhof - Schwarzenbergplatz bzw. Augasse - Nußdorf. Nach Freiwerden des Kais Schottentor U - Nußdorf, dann durchgehender Betrieb Nußdorf - Kai - Südbahnhof |
| J | Kurzführung Erdbrustgasse - Josefstädter Straße U (Uhlplatz) |
| N | Kurzführung Floridsdorfer Brücke - Praterstern (über 21) |
| O | Kurzführung Raxstraße - Südbahnhof |
| 1 | eingestellt, nach Freiwerden des Kais Betrieb Schottentor - Kai - Radetzkyplatz - Praterstern |
| 2 | während des Marathons zur Gänze eingestellt |
| 6 | wegen Sperre der Mariahilfer Straße Umleitung nach Meidling ab Eichenstraße |
| 10 | wegen Sperre des Bereichs Schlossallee Umleitung zum Betriebsbahnhof Rudolfsheim und dann zur Schleife Breitensee S ab Hütteldorfer Straße U |
| 18 | wegen Sperre der Mariahilfer Straße Umleitung nach Meidling ab Eichenstraße |
| 21 | Kurzführung Praterkai - Praterstern |
| 52 | während des Marathons längere Zeit eingestellt |
| 58 | Kurzführung Unter St. Veit - Hietzing U bzw. Westbahnhof - Bhf. Rudolfsheim |
(Der Autobusverkehr wurde bei dieser Übersicht nicht berücksichtigt, es kam aber auch hier zu massiven Behinderungen.)