Am Dienstag, dem 28. September 1999, wurde in den Abendstunden ein Attentat auf eine Garnitur der Linie S45 verübt. Zwischen den Haltestellen Ottakring und Hernals wurde eine Fensterscheibe zerschossen; dabei wurde ein Fahrgast verletzt.

Der Anschlag wurde offenbar mit einer Steinschleuder ausgeführt.

Ein ähnliches Attentat wurde wahrscheinlich am Samstag, dem 25. September, auf einen Zug der Linie U4 verübt. Am Nachmittag führte ein Wagen eines Richtung Hütteldorf fahrenden Zuges eine zersplitterte Scheibe, die ein kreisrundes Loch aufwies - die zerstörte Scheibe der Schnellbahngarnitur, die im Fernsehen gezeigt wurde, sah genau so aus. Der Fahrer des Zuges wurde von einem Fahrgast über den Schaden informiert und sperrte daraufhin den Wagen in der Station Margaretengürtel ab.